На чемпионате мира по авторалли 2006 года (the World Rally Championship, WRC) компания Škoda Auto поддерживает три раллийных команды. Команду из Чешской Республики Czech Rally Team Škoda - Kopecky, за которую выступают чемпион Чехии Ян Копецки (Jan Kopecký) и Филипп Скованек (Filip Schovánek). Эта команда стартовала на автомобиле Fabia WRC и планирует участие в десяти этапах чемпионата, которые состоятся в Европе.

Вторая команда The Red Bull Škoda Team находится в Австрии и участвует в мировом рали на двух автомобилях Fabia WRC. На одном автомобиле выступает финский гонщик Гарри Рованпера (Harri Rovanpera), который в апреле этого года заменил Жиля Паницци (Gilles Panizzi). Второй Fabia WRC управляет молодой Андреа Айне (Andrea Aigner) со штурманом Клаусом Вика (Klaus Wicha), который пришёл в команду в мае вместо Тимо Готтшака (Timo Gottschalk).

First Motorsport Škoda Team является третьей командой Škoda. Fabia WRC управляет экипаж Франсуа Дюваля (Francois Duval) и Патрика Пивато (Patrick Pivato). Команда зарегистрирована в Бельгии.

2007 год будет посвящен разработке и тестированию нового автомобиля Škoda категории S2000. Даная категория станет наиболее популярной в мировых соревнованиях по авторалли в следующем году. Перед конструкторами Škoda Auto стоит цель разработать автомобиль, который станет доступным для большего количества частных команд, а также молодых талантов, как на национальном, так и на международном уровне. В том случае, если автомобили WRC будут исключены из национальных чемпионатов по ралли в ближайшем будущем, Fabia S2000 станет новым оптимальным решением для раллийных команд во всем мире.